De la saga de Metal Gear Solid llega The Boss, una legendaria soldado que participó activamente en la II Guerra Mundial y que llevó al bando aliado a la victoria contra la Alemania nazi y la Italia fascista. Comanda la unidad Cobra, compuesta por soldados con habilidades que se podrían calificar de antinaturales. Ahora, durante la guerra fría, desertó a favor de la URSS. Las razones giran en torno al Legado de los Filósofos, una cantidad bestial de billones de dólares, y un arma devastadora conocida como Shagohod...
Los Cobras (de izq a der. desde arriba) son The Pain, capaz de controlar un enjambre de abejas asesinas, The Fear, capaz de camuflarse y de dislocar sus articulaciones para una mayor facilidad de tracción, The End, un francotirador de mas de 100 años que es capaz de realizar la fotosíntesis por el musgo de su cabeza, The Fury, quien lleva un traje de astonauta y tiene habilidades pirómanas, y por último, The Sorrow (fallecido), quien tenía el poder de hablar con los muertos, y su fantasma acompaña a The Boss.Fueron amantes.
Pero ella tenía un aprendiz, conocido como Snake, quien le transmitió todo lo que ella sabía. Durante la misión Virtuosa, ella desertó a favor de la URSS, junto con el apoyo de la Unidad Cobra e hiriendo a Snake. A este se le encomienda asesinarla y The Boss pasa a ser la desertora que debe morir, junto con el imnombrable Coronel Volgin.